穿墙止水螺杆的防腐处理指的就是止水螺栓做孔洞后，长期累月的过程中是否会被腐蚀，腐蚀的原因主要就是潮湿，因此在做孔洞封堵的时候，需要将孔洞内的螺栓头刷上防锈漆，刷上几遍，这样螺栓 头就不会受腐蚀，有效的遏制了腐蚀的现象，孔洞的螺栓头防锈漆干了后。
再做水泥沙浆等防水剂混合物进行填充，再与墙面抹平，等到风干即可完成孔洞封堵，也就相当于完成了止水螺栓的防腐处理 ，这个工序是必须要做的。做好了这些相关细节，施工质量就得到了保障。
以一污水池防腐处理为例，污水处理池璧防腐要刷防腐漆，而且如果是钢筋混凝土的要加上止水钢板，池里面再做一层防水，把污水防腐环氧树脂涂刷在水池内壁，干涸后形成完整的强度很高的膜 状物质，从而起到水池防水防腐目的。
另外池体与管道的连接处要加防水套管，这样会更加有保障。当然止水螺杆节点后也是要做防生锈、防腐处理的，同样需要在螺栓头刷上防锈漆，这样可以保证止 水螺杆在未来防水的岁月中，不会被腐蚀掉，而影响到止水、防水的效果。
